In so genannnte Kompetenzfelder eingeordnete Arbeitsgruppen verschiedener Fraunhofer-Institute, die ein Geschäfts- oder Forschungsfeld gemeinsam bearbeiten, organisieren sich in Allianzen und Netzwerken unter Einbringung ihrer speziellen Kompetenzen.
Fachlich verwandte Institute arbeiten in kompetenzorientierten Verbünden zusammen und treten gemeinsam am FuE-Markt auf. Sie wirken in der Unternehmenspolitik sowie bei der Umsetzung des Funktions- und Finanzierungsmodells der Fraunhofer-Gesellschaft mit.